En algunos documentos del s. X ya podemos encontrarnos con las primeras referencias al nombre actual de la localidad, Cisneros, y con otros como Cisinarios, Cisniseros y Cisnarios, nombre que se refiere a la abundancia de aves acuáticas en su territorio.

Los retos arqueológicos que se han encontrado en Cisneros dan testimonio de que sus orígenes se remontan a la Edad del Bronce. Fue tierra habitada por vacceos, villa de los romanos y hasta ella llegarían poblaciones de musulmanes. Su época de mayor esplendor sería en la Edad Medía, tras la repoblación del monarca Alfonso III.

A lo largo de la Edad Media era lugar de behetría, es decir, que podía elegir Señor. Pertenecía a la merindad de Carrión y uno de sus grandes Señores fue Juan Alfonso Girón. Posteriormente, ya en el s. XVI, pasaría a ser villa de realengo, dependiendo así del rey, bajo el que permaneció hasta mediados del s. XVIII.

Fundamental en la historia de Cisneros es su condición de villa oriunda del Cardenal Regente y de varios importantes personajes de la mejor nobleza castellana entre los siglos XVI y XVII.

Aun no pudiendo afirmar con toda seguridad que la Villa de Cisneros haya sido cuna del insigne Cardenal, los cisnerienses tienen motivos más que justificados para creer que sus tradiciones apuntan en la dirección correcta y que son innegables sus presencias en la villa en varias ocasiones, así como sus vinculaciones familiares o lo muchos beneficios que se la otorgan.

Francisco Ximenez de Cisneros, ha sido uno de los hombres más influyentes de la historia de España, fue confesor de la reina Isabel la Católica, arzobispo de Toledo, impulsor en 1500 de la construcción de la Universidad de Alcalá de Henares que editaría la Biblia Políglota, Cardenal e inquisidor y por dos veces  fue regente del Reino en dos ocasiones, la última cuando España se preparaba para recibir al emperador Carlos V.

Es tan grande la relevancia de la personalidad del Cardenal y su influencia en la localidad, que a pesar de los siglos que han pasado, en la actualidad el visitante que se acerque a Cisneros disfrutará de la maravillas de un municipio que vive impregnado de tan insigne figura.

En la actualidad destacan la Iglesia de San Facundo y San Primitivo y la Iglesia de San Pedro. La primera es de ladrillo y estilo gótico, con artesonados mudéjares. Posee un retablo gótico con tablas de la escuela de Pedro Berruguete y buenas tallas, como las de los santos titulares y la del Llanto sobre el Cristo muerto. En el templo puede verse el sepulcro en piedra de Antonio Rodríguez de Cisneros, oídor del Consejo Real de la Inquisición. Hay un altar dedicado a la Virgen del Castillo, obra de Pedro de Freira, de 1647. La iglesia conserva un órgano del siglo XVIII, obra de Francisco López.

La Iglesia de San Pedro tiene un retablo del siglo XVI de Francisco Giralte, altares barrocos, una talla gótica de la Virgen de Villacilar del siglo XIV, una escultura orante de Álvaro de Cisneros, tío de nuestro cardenal, y el sepulcro del antepasado Gonzalo Ximénez de Cisneros –el Buen Caballero–, del siglo XIII. Esta iglesia alberga además, desde 1986, el Museo Parroquial.

Cerca del casco urbano se levanta la Ermita del Cristo, del siglo XVI, donde estuvo originalmente ubicado el sepulcro gótico de Gonzalo el Bueno.

Además, su centro cultural alberga el Aula-Museo del Paloteo, una exquisita colección de botijos tradicionales, el llamativo museo de los oficios desaparecidos y una exposición permanente sobre la imprenta, de reciente implantación.